微生物除臭劑采用的是利用復合的有效微生物的群體之間的互惠同生或互利共棲的原理，創造有利于有益微生物群生存的環境，發揮有益菌群的作用，阻止環境中有害物質轉化的方向。這些有益微生物以氨氮、硫化氫、硫醇等惡臭物質為食，將其轉化為無臭物質并迅速降低臭味，阻止腐壞菌的生長與繁殖。作用完成后分解成水和二氧化碳，不對環境造成二次污染。