硝化菌屬于化能自營菌，代謝類型是自養需氧型，以無機物（氨、氮）為基礎源，光合菌，我們通常概念和常用的也是市面上能買到的是紅菌，即異營型紅螺菌科，代謝類型是異養厭氧型，基礎源為有機物。

此環節需要明確的概念是，硝化菌需要一個高氧環境，這非常容易辦到，且終代謝物為硝酸鹽（NO3）；而光合菌需要一個極低氧環境而有光照，這需要單獨為其設置一個厭氧環境（比如厚底沙），這非常不容易，通常被作為主體使用，分解硝酸鹽（NO3）和硫化氫（H2S），只有在環境和污染物質符合需求時，才會發揮作用，在無光或者有氧環境下，光合xijun就基本無效。

硝化菌總體喜歡中性至偏堿的水，因此海水中硝化菌群比淡水中更為活躍，海水硝化菌在PH8.2-8.4時效果好，淡水硝化菌在中性至弱堿性時效果好（7.0-7.8），但不管海水還是淡水硝化，在酸性中效果差，在PH5.6、6.0的酸性缸、枯葉缸中，更多時候靠的是異營菌而非硝化菌；光合菌喜好的PH值是8.2-8.6之間，在酸性環境中效果極其微弱甚至消亡，因為光合菌主要用于海水飼養而非淡水飼養。

此外，近年市場大肆宣傳光合菌之重要性，有其市場目的性，不知道大家有沒有買過一種粉紅色的硝化菌，一般包裝上會寫，每周添加一次，其實這就是光合菌，并非什么硝化，因水族箱中難有光合菌生存之必須環境，因此要利用光合菌凈水唯有經常性添加，利用其短暫活性分解缸中有機廢物，等消亡后又再次添加。

我們知道硝化菌的培養并不復雜，甚至不需要刻意去培養，只要放水下魚，時間久了自然有了，但光合菌就不一樣，它不能在絕大部分人的缸里長期生存，要利用光合菌只有經常添加，商家為達到營銷目的則會強調光合菌的重要性。